Gerenciamento e compartilhamento de dados#
O que é?#
Tanto os periódicos quanto as agências de financiamento científico deram mais ênfase nos últimos anos ao fato de que é fundamental salvar tanto os dados brutos gerados durante o curso da descoberta científica quanto os protocolos usados para processar esses dados. Embora os requerimentos para depositar publicamente os dados brutos de imagens tenham entrado em vigor recentemente em vários países, pode ser difícil para os pesquisadores saberem onde armazenar imagens, códigos e metadados associados a seus experimentos de bioimagem.
🤔 Quais são minhas opções?
Existem muitas opções para armazenar dados de imagem em repositórios online. Esses serviços facilitam o compartilhamento e a reutilização de dados. A melhor opção dependerá do tamanho do conjunto de dados, do orçamento para armazenamento, se há dados não relacionados a imagem e quantos metadados estão disponíveis para o conjunto de dados. Algumas opções estão resumidas abaixo:
Fig. 8 Opções para armazenar dados de bioimagem Figura de Beth Cimini (2023) Fonte#
⚠️ Onde as coisas podem dar errado?
Não armazenar versões originais de imagens. É fundamental que os dados brutos da imagem sejam salvos e armazenados. É muito importante que esses arquivos não sejam formatos compactados (por exemplo, “.jpeg”) ou modificados dos arquivos originais nos quais a análise foi realizada. Se os arquivos forem modificados, as medições serão alteradas e o pipeline de análise não poderá ser reproduzido por mais ninguém.
Os metadados de imagem necessários não estão disponíveis. Para calibrar adequadamente os dados de medição, é fundamental que informações como tamanho do pixel (por exemplo, em mícrons), fabricante e modelo do microscópio e configurações de aquisição sejam incluídas junto com os dados. Se isso não for incluído, será muito difícil reproduzir os resultados ou usar a combinação dos dados com outros conjuntos de dados.