Apresentação de imagens de microscopia#
O que é?#
Microscopy images are often shown in scientific papers to illustrate a particular conclusion. While qualitative conclusions are not a substitute for quantitative comparisons (see next section), images can certainly guide our reasoning and our conclusions. Following a few consistent best practices ensures that these conclusions are correct and robust.
Fig. 9 Um breve resumo visual das dicas de apresentação de imagens. Figura de Helena Jambor. Fonte#
Ajuste o recorte, a orientação e o tamanho da imagem.
Para qualquer ajuste, trabalhe com uma cópia da imagem e não altere o arquivo original. Observe que não se deve utilizar imagens ajustadas para análises quantitativas de dados de imagem. Os ajustes para comunicar de forma efetiva o conteúdo da imagem podem incluir a remoção de regiões não informativas da imagem (corte), alteração da orientação da imagem e ajuste do tamanho. Observe que a rotação e o redimensionamento podem alterar os dados da imagem quando as informações de pixel são redistribuídas.
🤔 Como eu faço?
Consulte a [folha de dicas abaixo](folha de dicas da imagem) para obter mais informações.
⚠️ Onde as coisas podem dar errado?
Não são permitidos quaisquer ajustes que alterem as conclusões.
Aumente a visibilidade do conteúdo da imagem
Muitas vezes, as imagens não têm valores de intensidade com espaçamento regular. Para exibir os dados de forma visíveis em uma tela/em uma figura, geralmente são necessários ajustes de brilho e contraste.
🤔 Como eu faço?
Consulte a [folha de dicas abaixo](folha de dicas da imagem) para obter mais informações.
⚠️ Onde as coisas podem dar errado?
Quaisquer ajustes que resultem no desaparecimento dos detalhes da imagem são considerados enganosos 50. Observe que muitas transformações não lineares de brilho e contraste estão disponíveis no software de processamento de imagem, antes de usa-los, os usuários devem garantir que as transformações representem fielmente os dados para evitar enganar acidentalmente o público e divulgá-los como anotações.
📚🤷♀️ Onde posso aprender mais?
Use cores inclusivas
As imagens do microscópio de fluorescência geralmente são compostas de dados de vários comprimentos de onda/canais de cores. Para visualizar melhor as estruturas moleculares, os canais individuais podem ser mostrados em imagens separadas em tons de cinza. Quando as cores são escolhidas para representar o comprimento de onda da iluminação (azul, verde, vermelho, vermelho distante), por exemplo, proteína fluorescente verde é mostrada na cor verde, lembre-se de que os valores de intensidade em um fundo preto reduzem o nível de detalhe.
Quando os canais são sobrepostos em imagens ‘compostas’, os autores devem garantir que as estruturas sejam visíveis, ou seja, que a sobreposição não obstrua os recursos e que as cores usadas sejam claramente distinguíveis.
🤔 Como eu faço?
Consulte a [folha de dicas abaixo](folha de dicas da imagem) para obter mais informações.
⚠️ Onde as coisas podem dar errado?
Para imagens compostas, considere se as combinações de cores são inclusivas para públicos daltônicos (por exemplo, não combine vermelho com verde, mas sim magenta e verde, consulte a referência abaixo para exemplos) e possivelmente mostre canais individuais em escala de cinza para maximizar a acessibilidade e os detalhes. Ferramentas para simulação de daltonismo das imagens existem no software de processamento de imagens (ImageJ/Fiji) e a visibilidade das cores nas figuras da imagem final pode ser testada com aplicativos como o ColorOracle.
📚🤷♀️ Onde posso aprender mais?
Anote as principais características da imagem
Cada imagem precisa de uma referência às suas dimensões físicas. Isso geralmente é obtido incluindo uma barra de escala com dimensões anotadas na imagem ou na legenda da figura.
Além disso, os autores devem se lembrar de anotar as cores usadas, quaisquer símbolos e setas usadas para guiar os leitores e, se usados, a origem de qualquer zoom/inserção. Se imagens especializadas forem mostradas (aquisições temporais, volumes, reconstruções), os autores são encorajados a considerar a descrição destas informações importantes nas figuras.
🤔 Como eu faço?
Consulte a [folha de dicas abaixo](folha de dicas da imagem) para obter mais informações.
⚠️ Onde as coisas podem dar errado?
A falta de detalhes e a falta de explicações importantes tornarão impossível para o público interpretar os dados da imagem nas figuras. Para sondas referência, considere o uso de termos do ISAC Probe Tag Dictionary, uma nomenclatura padronizada para sondas usadas em citometria e microscopia.
📚🤷♀️ Onde posso aprender mais?
Explique a imagem
To rapidly orient audiences, a minimal explanatory text should be presented along with images. This includes the figure legend and the methods section in scientific papers or the title of figures in posters and slides. Consider using a controlled vocabulary to reduce ambiguity and increase machine-readability of the descriptions of specimens, tissues, cell lines, and proteins etc. A useful tool is the RRID (Research Resource Identifying Data)index , which provides indices for commonly used biological reagents and resources, e.g., plasmids, cell lines and antibodies .
🤔 Como eu faço?
Consulte a [folha de dicas abaixo](folha de dicas da imagem) para obter mais informações.
⚠️ Onde as coisas podem dar errado?
A falta de explicações de detalhes/métodos de imagem pode resultar em dados não reproduzíveis e limitar as percepções dos dados.
📚🤷♀️ Onde posso aprender mais?
📄 Estudo de replicação: a remodelação biomecânica do microambiente pela caveolina-1 estromal favorece a invasão tumoral e a metástase 53
📄 Os métodos de imagem são amplamente subestimados na pesquisa biomédica 54
📄 As legendas das figuras são suficientes? Avaliando a contribuição do texto associado para a compreensão da figura biomédica. 55
Onde posso aprender mais?#
Confira Criando figuras claras e informativas baseadas em imagens para publicações científicas51 e Listas de verificação desenvolvidas pela comunidade para publicação de imagens e análise de imagens56 para obter mais dicas e práticas recomendadas para criar figuras de imagens.
Um conjunto de dicas sobre preparo básico de imagens com software de código aberto:
Fig. 10 Como executar corretamente várias manipulações de imagem em Fiji. Figura de Christopher Schmied e Helena Jambor. Fonte#