Introdução

As imagens de microscopia são inerentemente quantitativas, o que as torna uma fonte de dados muito poderosa. Como biólogo, a análise de imagens permite que você traduza esses números em informações que respondam a questões biológicas. Para nossos propósitos, análise de imagem é o processo de medição de aspectos de fenômenos biológicos capturados em imagens de microscopia. As imagens de microscopia já são inerentemente quantitativas na medida em que são matrizes (ou seja, grade) de números. No entanto, a análise de imagens é o processo de transformar esses números brutos em medições biologicamente interpretáveis. A análise de imagem geralmente envolve uma série de etapas que podem ser coletadas em um pipeline ou fluxo de trabalho de análise. Um exemplo simples de fluxo de trabalho é mostrado abaixo:

flowchart LR A[Raw image] -->|Illumination correction| B[Corrected image] B -->|Segmentation| C((Identified objects \n e.g., cells, nuclei)) C -->|Measure size and shape| D(Size and shape measurements \n e.g., Average cell area) B & C-->|Measure intensity|G(Intensity measurements \n e.g., Average eGFP intensity) classDef empty width:0px,height:0px; style G fill:#DCC7FA, stroke:#8338EC style C fill:#FFF4d6,stroke:#FFBE0B style A fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style B fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style D fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF style G fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF

The specifics of your workflow depend on your biological question. Below we present a few common types of analysis for fluorescence microscopy experiments. For each, we’ll explain key ideas to understand before you begin, common pitfalls, and links to a few key resources to learn more. We encourage you to think about your analysis strategy even before beginning sample preparation. While not always possible, speaking with an image analysis expert¹⁹ in your local core facility or asking a question on the image.sc forum before you begin can save you a ton of time and headache when it comes to designing an image analysis strategy. Some general concepts are also covered in a recent short review²⁰.

Observe que «automatizado» e «quantificado» não são a mesma coisa que «preciso» e «imparcial» - veja ⁹ e ¹⁸ para um tratamento mais aprofundado dessas questões.