Introdução#

As imagens de microscopia são inerentemente quantitativas, o que as torna uma fonte de dados muito poderosa. Como biólogo, a análise de imagens permite que você traduza esses números em informações que respondam a questões biológicas. Para nossos propósitos, análise de imagem é o processo de medição de aspectos de fenômenos biológicos capturados em imagens de microscopia. As imagens de microscopia já são inerentemente quantitativas na medida em que são matrizes (ou seja, grade) de números. No entanto, a análise de imagens é o processo de transformar esses números brutos em medições biologicamente interpretáveis. A análise de imagem geralmente envolve uma série de etapas que podem ser coletadas em um pipeline ou fluxo de trabalho de análise. Um exemplo simples de fluxo de trabalho é mostrado abaixo:

flowchart LR A[Raw image] -->|Illumination correction| B[Corrected image] B -->|Segmentation| C((Identified objects \n e.g., cells, nuclei)) C -->|Measure size and shape| D(Size and shape measurements \n e.g., Average cell area) B & C-->|Measure intensity|G(Intensity measurements \n e.g., Average eGFP intensity) classDef empty width:0px,height:0px; style G fill:#DCC7FA, stroke:#8338EC style C fill:#FFF4d6,stroke:#FFBE0B style A fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style B fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style D fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF style G fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF

As especificidades do seu fluxo de trabalho dependem da sua questão biológica. Apresentamos abaixo alguns tipos comuns de análise para experimentos de microscopia de fluorescência. Para cada um, explicaremos as principais ideias que você precisa entender antes de começar, as armadilhas comuns e links para alguns recursos importantes para aprender mais. Incentivamos você a pensar sobre sua estratégia de análise antes mesmo de começar a preparação da amostra. Embora nem sempre seja possível, conversar com um especialista em análise de imagens19 em sua unidade central local ou fazer uma pergunta no fórum image.sc antes de começar pode economizar muito tempo e dor de cabeça na hora de elaborar uma estratégia de análise de imagens. Alguns conceitos gerais também são abordados em uma breve revisão recente{cite}`.

Observe que «automatizado» e «quantificado» não são a mesma coisa que «preciso» e «imparcial» - veja 9 e 18 para um tratamento mais aprofundado dessas questões.