Softwares dee código aberto

Introdução

Quando chega a hora de selecionar um software para sua análise de imagem, existem muitas opções, algumas mais gerais e outras altamente especializadas para modalidades específicas de imagem ou tipos de experimentos. Em geral, um bom lugar para começar a explorar é examinar artigos em seu campo e ver o que outros usaram para analisar experimentos semelhantes aos seus. É importante observar que não há uma resposta correta para «Qual programa devo usar?» Dependendo de sua questão biológica, suas imagens e seu próprio conforto com os códigos, existem muitas opções disponíveis.

Abaixo, resumimos os principais usos e as limitações de alguns dos softwares mais comuns, gratuitos e de código aberto para análise de imagens.](https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/1873-3468.14451) ³ e o BioImage Informatics Index .

Seja qual for o software que você escolher, certifique-se de incluir uma descrição detalhada de sua análise em seus métodos, com pipeline ou arquivos de fluxo de trabalho, se possível, para que outros possam reproduzir seu trabalho. Certifique-se também de citar o software de análise que você usa! Isso ajuda os desenvolvedores do software a obter financiamento e ajuda outras pessoas a encontrar ferramentas úteis.

ImageJ

ImageJ é um programa de processamento de imagem capaz de operar em uma variedade de imagens, incluindo multicanal, 3D e séries temporais. Ele fornece operações básicas de processamento de imagem e possui uma variedade de plug-ins para tarefas mais complexas. Leia mais…

CellProfiler

CellProfiler foi projetado com a ideia de um pipeline de análise de imagem em mente; ele permite que você use uma série de módulos interoperáveis para projetar seu próprio pipeline de análise personalizado que pode ser aplicado a uma ou milhares de imagens, tornando-o adequado para análise de imagem de alto rendimento. Leia mais…

QuPath

QuPath oferece um amplo conjunto de ferramentas de análise de imagens que podem ser aplicadas a imagens de lâminas inteiras, como imagens de patologia, mas também podem ser usadas com outras imagens. O QuPath também contém ferramentas de classificação de pixels e pode ser integrado ao ImageJ. Leia mais…

Icy

Icy é uma ferramenta de análise de imagem pronta para uso, que utiliza plugins para criar fluxogramas visuais de análise de imagem que podem ser compartilhados com outros usuários. Leia mais…

MIB

MIB é um software amigável para análise de imagens de conjuntos de dados multidimensionais para microscopia de luz e eletrônica. Ele permite que você use todos os dados adquiridos para sua análise e consequente extração de características morfológicas. Leia mais…

napari

napari está sendo desenvolvido como um visualizador de imagens multidimensional que pode ser expandido por meio de uma variedade de plug-ins para executar tarefas básicas e complexas de análise de imagens. Leia mais…

Cellpose

Cellpose é um algoritmo de segmentação segmentation, que fornece uma interface gráfica que permite aos usuários usar modelos treinados ou treinar seus próprios usando suas imagens e anotações. Leia mais…

ilastik

ilastik é uma ferramenta para classificação de imagens interativas, segmentação e análise. Ele aproveita os algoritmos de aprendizado de máquina para executar a classificação em nível de pixel e/ou objeto. Usá-lo não requer experiência em processamento de imagem. Leia mais…

Piximi

Piximi é um aplicativo para anotação e classificação que é executado inteiramente no seu navegador e não requer instalação e configuração mínima. Leia mais…