Introdução

As imagens de microscopia são inerentemente quantitativas, o que as torna uma fonte de dados muito poderosa. Como biólogo, a análise de imagens permite que você traduza esses números em informações que respondam a questões biológicas. Para nossos propósitos, análise de imagem é o processo de medição de aspectos de fenômenos biológicos capturados em imagens de microscopia. As imagens de microscopia já são inerentemente quantitativas na medida em que são matrizes (ou seja, grade) de números. No entanto, a análise de imagens é o processo de transformar esses números brutos em medições biologicamente interpretáveis. A análise de imagem geralmente envolve uma série de etapas que podem ser coletadas em um pipeline ou fluxo de trabalho de análise. Um exemplo simples de fluxo de trabalho é mostrado abaixo:

flowchart LR A[Raw image] -->|Illumination correction| B[Corrected image] B -->|Segmentation| C((Identified objects \n e.g., cells, nuclei)) C -->|Measure size and shape| D(Size and shape measurements \n e.g., Average cell area) B & C-->|Measure intensity|G(Intensity measurements \n e.g., Average eGFP intensity) classDef empty width:0px,height:0px; style G fill:#DCC7FA, stroke:#8338EC style C fill:#FFF4d6,stroke:#FFBE0B style A fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style B fill:#FFD6E8,stroke:#F5006A style D fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF style G fill:#D6E6FF,stroke:#3A86FF

As especificidades do seu fluxo de trabalho dependem da sua questão biológica. Abaixo apresentamos alguns tipos comuns de análise para experimentos de microscopia de fluorescência. Para cada um, explicaremos ideias-chave para entender antes de começar, dificuldades comuns e links para alguns recursos-chave para saber mais. Incentivamos você a pensar sobre sua estratégia de análise antes mesmo de iniciar a preparação da amostra. Embora nem sempre seja possível, falar com um especialista em análise de imagem na sua central local ou fazer uma pergunta no fórum image.sc antes de começar pode economizar muito tempo e dor de cabeça quando trata-se de projetar uma estratégia de análise de imagem.