Softwares dee código aberto#
Introdução#
Quando chega a hora de selecionar um software para sua análise de imagem, existem muitas opções, algumas mais gerais e outras altamente especializadas para modalidades específicas de imagem ou tipos de experimentos. Em geral, um bom lugar para começar a explorar é examinar artigos em seu campo e ver o que outros usaram para analisar experimentos semelhantes aos seus. É importante observar que não há uma resposta correta para «Qual programa devo usar?» Dependendo de sua questão biológica, suas imagens e seu próprio conforto com os códigos, existem muitas opções disponíveis.
Abaixo, resumimos os principais usos e as limitações de alguns dos softwares mais comuns, gratuitos e de código aberto para análise de imagens.](https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/1873-3468.14451) 3 e o BioImage Informatics Index .
Seja qual for o software que você escolher, certifique-se de incluir uma descrição detalhada de sua análise em seus métodos, com pipeline ou arquivos de fluxo de trabalho, se possível, para que outros possam reproduzir seu trabalho. Certifique-se também de citar o software de análise que você usa! Isso ajuda os desenvolvedores do software a obter financiamento e ajuda outras pessoas a encontrar ferramentas úteis.
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ImageJ
ImageJ é um programa de processamento de imagem capaz de operar em uma variedade de imagens, incluindo multicanal, 3D e séries temporais. Ele fornece operações básicas de processamento de imagem e possui uma variedade de plug-ins para tarefas mais complexas. Leia mais…
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CellProfiler
CellProfiler foi projetado com a ideia de um pipeline de análise de imagem em mente; ele permite que você use uma série de módulos interoperáveis para projetar seu próprio pipeline de análise personalizado que pode ser aplicado a uma ou milhares de imagens, tornando-o adequado para análise de imagem de alto rendimento. Leia mais…
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QuPath
QuPath oferece um amplo conjunto de ferramentas de análise de imagens que podem ser aplicadas a imagens de lâminas inteiras, como imagens de patologia, mas também podem ser usadas com outras imagens. O QuPath também contém ferramentas de classificação de pixels e pode ser integrado ao ImageJ. Leia mais…
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Icy
Icy é uma ferramenta de análise de imagem pronta para uso, que utiliza plugins para criar fluxogramas visuais de análise de imagem que podem ser compartilhados com outros usuários. Leia mais…
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MIB
MIB é um software amigável para análise de imagens de conjuntos de dados multidimensionais para microscopia de luz e eletrônica. Ele permite que você use todos os dados adquiridos para sua análise e consequente extração de características morfológicas. Leia mais…
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napari
napari está sendo desenvolvido como um visualizador de imagens multidimensional que pode ser expandido por meio de uma variedade de plug-ins para executar tarefas básicas e complexas de análise de imagens. Leia mais…
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Cellpose
Cellpose é um algoritmo de segmentação segmentation, que fornece uma interface gráfica que permite aos usuários usar modelos treinados ou treinar seus próprios usando suas imagens e anotações. Leia mais…
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ilastik
ilastik é uma ferramenta para classificação de imagens interativas, segmentação e análise. Ele aproveita os algoritmos de aprendizado de máquina para executar a classificação em nível de pixel e/ou objeto. Usá-lo não requer experiência em processamento de imagem. Leia mais…
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Piximi
Piximi é um aplicativo para anotação e classificação que é executado inteiramente no seu navegador e não requer instalação e configuração mínima. Leia mais…