Medidas de tamanho e forma#
O que são medidas de tamanho?#
As medidas de tamanho descrevem as dimensões dos objetos em sua imagem. Medidas comuns de tamanho incluem:
Área: o espaço 2D que um objeto ocupa na imagem ou a área de superfície 3D de um objeto
Volume: o espaço 3D que um objeto ocupa em uma imagem 3D
Perímetro: a distância ao redor da borda de um objeto
O que são medidas de forma?#
As medidas de forma descrevem a forma 2D ou 3D dos objetos em nossa amostra. Medidas comuns de forma incluem:
Circularidade: quão redondo ou alongado é um objeto. Formalmente definido como \(circularidade = 4pi*{área}/{perimeter}^2\) onde 1 é um círculo perfeito e circularidade <1 é um polígono mais alongado.
Solidez: quão denso vs. fino/furado é um objeto. Definido formalmente como \(solidez = área/área convexa\) onde área convexa é semelhante à área dentro de uma forma formada pelo alongamento de um elástico ao redor do objeto.
📏 Como faço para medir?
Depois de segmentar uma imagem para localizar os pixels pertencentes a diferentes objetos, a morfologia pode ser diretamente medida em muitos softwares de análise de imagem, como FIJI e CellProfiler. Por exemplo, em Fiji, depois de identificar seus objetos como ROIs, certifique-se de Analyze > Set Measurements… e selecione “Shape Descriptors” e simplesmente meça seus ROIs com *Analyze > Measure. No CellProfiler, isso é feito usando o módulo MeasureObjectSizeShape.
⚠️ Onde as coisas podem dar errado?
Não entender as limitações de suas imagens. Todas as estruturas biológicas são 3D, mas frequentemente analisamos imagens 2D. Muitas vezes isso ainda é muito útil! Mas quanto maiores e mais complexos seus objetos (por exemplo, neurônios em uma seção de tecido), mais limitada se torna uma visão 2D.
Não usar unidades calibradas. Certifique-se de calibrar adequadamente suas imagens e apresentar as medições finais em mícrons (ou unidades semelhantes). Ao medir imagens 3D, certifique-se de levar em consideração o passo z, que provavelmente é maior que o tamanho do pixel xy.